Давно искал ответ на этот казалось бы простой вопрос, и случайно гуглив на тему отказа запуска пакета msi через autoit обнаружил ответ:
Как удалить предупреждение «Publisher Could Not Be Verified» при запуске программ через сеть
http://www.technipages.com/disable-publisher-could-not-be-verified-messages.html