Не раз и не два я сталкивался с проблемой потери раздела NTFS. Очень часто это проявляется так:

Вставляем флешку или внешний диск USB, а система говорит: давайте отформатируем, не вижу раздела. Первое  что бывает это паника, ведь столько всего нужного. Вторая попытка это поиск утилит и бег по интернету в поисках утилит восстановления. Некоторые утилиты могут восстановить информацию, но в большинстве они предназначены для восстановления самой таблицы разделов и «паспорта» диска, а не раздела.

Чтобы вылечить проблему потери раздела для винды (MBR поломался), может пригодится утилита testdisk.

Описание ееможно найти здесь:

http://ru.wikipedia.org/wiki/TestDisk

да и ссылки для скачивания тут http://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk

Утилита изначально была создана для linux, поэтому работа с ней происходит исключительно из командной строки.