Не раз и не два я сталкивался с проблемой потери раздела NTFS. Очень часто это проявляется так:
Вставляем флешку или внешний диск USB, а система говорит: давайте отформатируем, не вижу раздела. Первое что бывает это паника, ведь столько всего нужного. Вторая попытка это поиск утилит и бег по интернету в поисках утилит восстановления. Некоторые утилиты могут восстановить информацию, но в большинстве они предназначены для восстановления самой таблицы разделов и «паспорта» диска, а не раздела.
Чтобы вылечить проблему потери раздела для винды (MBR поломался), может пригодится утилита testdisk.
Описание ееможно найти здесь:
http://ru.wikipedia.org/wiki/TestDisk
да и ссылки для скачивания тут http://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk
Утилита изначально была создана для linux, поэтому работа с ней происходит исключительно из командной строки.
Беглый осмотр инета выдал достаточно мощное обсуждение этой проблемы вот здесь:
http://social.technet.microsoft.com/Forums/ru-RU/windows7ru/thread/09aef1dc-d88d-4fb1-9c6f-dfad7b54bac6
помочь может либо сторонняя программа (но говорят что и она не помогает)

Либо делать вручную
В данный момент можно запускать оснастку devmgmt.msc и после еджекта накопителя отключать нужный usb root hub: делать как показано на рисунке